16 đội tham dự giải hạng Nhì Quốc gia 2017 gồm 13 đội tại giải hạng Nhì Quốc gia 2016 (Hà Nội, Công An Nhân Dân, Viettel, Bình Định, Sanatech Khánh Hoà, Lâm Đồng, Bình Thuận, Mancons Sài Gòn, PVF, Long An, Tiền Giang, Bến Tre, An Giang), 1 đội hạng Nhất 2016 xuống thi đấu ở giải hạng Nhì Quốc gia 2017 (Cà Mau) và 2 đội hạng Ba năm 2016 được thăng hạng (Phù Đổng Hà Nội và Kon Tum).

16 đội được chia vào 2 bảng theo khu vực địa lý và đăng ký sân thi đấu của các đội, cụ thể như sau:

Bảng A: Hà Nội, Công An Nhân Dân, Phù Đổng Hà Nội, Viettel, Bình Định, Sanatech Khánh Hoà, Lâm Đồng, Kon Tum.

Bảng B: Bình Thuận, Mancons Sài Gòn, Quỹ đầu tư phát triển tài năng bóng đá Việt Nam (PVF), Long An, Tiền Giang, Bến Tre, An Giang, Cà Mau.

Các đội sẽ thi đấu theo thể thức vòng tròn 2 lượt (sân nhà – sân đối phương) tính điểm xếp hạng, chọn 4 đội có thành tích tốt nhất tại mỗi bảng vào thi đấu tại Vòng chung kết.

Tại Vòng chung kết, 8 đội sẽ được bắt cặp thi đấu theo thể thức loại trực tiếp 1 trận (nếu sau thời gian thi đấu chính thức tỷ số hòa, hai Đội sẽ thi đá luân lưu 11m để xác định đội thắng, không thi đấu thêm trận đấu phụ) theo sơ đồ mã số sau:

Các đội thắng trận 5, 6, 7 sẽ trực tiếp giành quyền tham dự giải bóng đá Hạng Nhất Quốc gia 2018. Đội thua trận 7 sẽ thi đấu trận tranh suất cuối cùng tham dự giải Hạng Nhất Quốc gia 2018 (Play off) với đội xếp thứ Bảy ở giải bóng đá Hạng Nhất Quốc gia 2017. Đội thắng trong trận đấu Play off sẽ giành quyền thăng hạng.

Theo kế hoạch, giai đoạn vòng loại giải hạng Nhì Quốc gia 2017 sẽ diễn ra từ ngày 5/5 đến 18/7/2017. Vòng chung kết được tổ chức từ ngày 25/7 đến 1/8/2017.